La nomination de préfigurateurs désignés pour préparer la nouvelle agence a suscité une ambiguïté et un émoi que l’agence tient à dissiper car le doute sur la démarche de réforme engagée par l’agence n’est pas permis. Il est, par ailleurs, primordial de protéger les personnes qui y travaillent en évitant toute exposition nominale et personnelle.
Dominique Maraninchi a donc décidé d’adapter la méthode en modifiant la mission de l'équipe de préfigurateurs, qui seront principalement chargés de proposer les modalités de la nouvelle organisation, aux côtés de l’équipe projet de la direction générale. Il assurera personnellement le pilotage du processus, appuyé par ses directeurs adjoints et avec le concours de l’ensemble des personnels de l’agence.
La nomination des futurs directeurs de l’Agence n’interviendra que lors de la mise en place de la nouvelle organisation, à l’horizon du mois de mars 2012. Elle donnera lieu à une validation par le conseil d’administration de la nouvelle Agence.