La gouvernance de l’ANSM est organisée par le décret du 27 avril 2012. Il précise la composition, les compétences et les modalités de fonctionnement du conseil d’administration et du conseil scientifique ainsi que les attributions du directeur général.
Ce dernier a une responsabilité déterminante dans l’organisation des différentes instances qui mobilisent l’expertise externe. Christelle Ratignier-Carbonneil a succédé le 15 décembre 2020 au Dr Dominique Martin.
Le déontologue de l’ANSM, nommé par par décision du directeur général le 1er juillet 2016 est chargé de veiller au respect des obligations de déclaration des liens d'intérêts et de prévention des conflits d'intérêt. Sa tâche consiste à superviser le recueil et l'analyse des déclarations publiques d'intérêts.
Le conseil d’administration est largement ouvert aux représentants des citoyens, des patients et des professionnels de santé.